Même s’il peut parfois être amené à gérer des sommes très importantes, un CE n’est pas une entreprise :
il n’est pas régi par le même cadre légal, présente des caractéristiques qui lui sont propres (séparation des deux budgets d'activités sociales et de fonctionnement, par exemple) et n’a pas les mêmes besoins sur le plan comptable. Il est donc important d’opter pour un logiciel conçu spécialement pour les CE.